O Departamento de Farmacologia foi criado através da Resolução nº 06/85, do Conselho Universitário em 15/04/85. Com a divisão do antigo Departamento de Ciências Fisiológicas em dois departamentos, Farmacologia e Fisiologia, a área física destinada ao Departamento de Farmacologia foi “o andar térreo mais a sala 88” do prédio do Setor de Ciências Biológicas. Em 03/02/87, através de Portaria nº 615 foi determinada a lotação do corpo docente do departamento de Farmacologia, constituída de 15 Professores sendo 7 adjuntos, 7 Assistentes e 1 Auxiliar de ensino. Sessenta por cento dos professores do Departamento de Farmacologia neste período eram contratados em regime de 40 e 20 horas semanais enquanto que apenas  6 professores estavam em regime de dedicação exclusiva. Apenas 2 tinham a titulação de livre docente. Desde então, os professores do Departamento se empenharam na busca da melhoria da qualidade de seu quadro docente. A partir de 1995 foi criado o Curso de Especialização em Farmacologia que serviu de base para a implantação da Programa de Pós-Graduação em Farmacologia. Com a implantação do curso de especialização (1995) e do Programa de Pós-Graduação em Farmacologia – Mestrado (2000)  e doutorado em (2004) foram definidas as áreas de concentração de pesquisa no Departamento em 1- Produtos Naturais, 2- Neurociências, 3- Inflamação dor e febre e 4- Toxicologia. Atualmente, todos os professores do Departamento possuem título de Doutor e uma grande parte dos docentes são pesquisadores do CNPq, colocando o Departamento de Farmacologia do Setor de Ciências Biológicas da Universidade Federal do Paraná como referência no Estado, no Brasil e internacionalmente. Na graduação o Departamento ministra diversas disciplinas em diferentes cursos da Universidade Federal do Paraná, entre eles os cursos de Medicina, Farmácia, Biomedicina, Medicina Veterinária, Biologia, Nutrição, Enfermagem e Fisioterapia, auxiliando assim na formação de diversos profissionais da área de saúde.